Образовавшись, энергия направляется по системе циркуляции чакры (которая аналогична системе циркуляции крови) к любому из 361 выхода (яп. 点穴 тэнкэцу?) на теле человека. Это происходит благодаря различным методам, из которых самый используемый — ручная печать, особое положение пальцев и кистей обеих рук, дающее возможность управлять чакрой и добиваться эффектов, которые иначе не были бы достигнуты (например, ходьба по воде или выдыхание огня). Исключение — Хаку, обладавший талантом наложения печатей одной рукой, что давало ему неоспоримое преимущество в ближнем бою. В контексте восточной философии и боевых искусств, чакра равнозначна Ци (Ки).

В зависимости от соотношения смешанной физической и духовной энергии, могут быть сформированы различные типы чакры. Простейшая (неэлементальная) чакра, использующаяся для фундаментальных дзюцу — самый распространённый продукт этого формирования. Кроме того, чакра большинства ниндзя включает в себя элемент одной из пяти природных стихий (по очереди: огонь, ветер, молния, земля и вода), хотя были случаи, когда ниндзя имел возможность создать второй компонент, отличный от «собственного». Каждый элемент превосходит по силе последующий и слаб против предыдущего (например, ветер слаб против огня и эффективен против молнии), и вдобавок, каждой стихийной технике может противостоять равное или более мощное дзюцу с таким же элементом.

Немногие кэккэй гэнкай через смесь основных стихий могут создавать уникальные элементы, типа дерева (земля+вода) или льда (ветер+вода). В тоже время, некоторые ниндзя, овладевшие двумя типами чакры, не в состоянии объединить их. Также Ямато упоминает о светлой и тёмной чакре, но не уточняет, для чего они нужны. Дзирайя же говорит об чакре инь и ян, которая принадлежит Девятихвостому Демону.