АМБУ Селения Листвы обычно подчиняется прямым командам Хокагэ, но за несколько лет до первых событий истории «Naruto», существовал Департамент подготовки АМБУ известный как Корень (яп. 根 нэ?). Организация была основана и непосредственно возглавлена Дандзо, который усиленно обучал и конденсировал мировоззрение детей. Корень способствует полному устранению эмоций, чтобы дать возможность своим членам доводить до конца миссии, не сдерживая себя. Эта организация имеет тенденцию следовать и дальше своим убеждениям: синоби, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должен показывать никаких чувств (из упоминаний Сая о правилах после того, как у него был найден подарок его «брата»). Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Академии Селения Кровавого Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами-друзьями. С того момента как Дандзо начал вести военную политику, что противоречило идеям Третьего Хокагэ, Корень был расформирован. Несмотря на это многие ниндзя остались преданны организации. Даже если организация показывает нам, что имеет хорошие намерениям, Цунадэ и Дзирайя относятся к ней с подозрением.