Первой большой публикацией Исиномори стала манга "Второразрядный ангел" [Ninkyuu Tenshi] (1954) в журнале "Shounen Sunday".

В 1956 году он закончил учебу и переехал в Токио, где поселился в том же доме Токивасо, что и Тэдзука Осаму - поближе к мастеру и учителю. Его соседом по комнате был также впоследствии прославившийся Акацука Фудзио. Примерно в это время Исиномори берет свой первый псевдоним - Исимори Сётаро.

Помимо работы над мангой, Исиномори вместе с Тэдзукой принял участие в создании полнометражного фильма "Путешествие на Запад" [Saiyuki] (1960) студии "Toei Douga" и режиссера Ябуситы Тайдзи по мотивам манги Тэдзуки "Похождения Гоку" [Gokuu no Daibouken] (1952-1959), которая, в свою очередь, была основана на классическом китайском романе У Чэнъэня.

В 1963 году Исиномори начал издавать свою первую получившую большое признание мангу "Киборг 009" [Cyborg 009] (1963-1998 - с перерывами), за которую он в 1966 году получил награду "За лучшую детскую мангу" издательства "Kodansha". Эта манга была неоднократно экранизирована в аниме.

В 1964 году Исиномори начал издание своей первой (и одной из весьма немногих) сёдзё-манги "Это очень-очень странная девочка" [Okashina Okashina Ano Ko], которая позднее была переименована в "Малышка Сарутоби Эцуко" [Sarutobi Ecchan] (1964, 1971), чтобы "продвинуть" ее неудачную аниме-экранизацию (1971-1972). Однако этот ТВ-сериал студии "Toei Douga" все равно провалился.

В 1966 году Исиномори начал издавать мангу "Следствие ведут Сабу и Ити" [Sabu to Ichi Torimonochou] (1966-1968), также экранизированную. За нее он в 1968 году получил награду "За лучшую мангу" издательства "Shogakukan".

Также в 1968 году Исиномори создал компанию "Ishimori Professional, INC", в рамках которой он участвовал в создании экранизаций (как анимационных, так и художественных) своих последующих работ.

В конце 1960-х учеником и помощником Исиномори был Нагай Го.

В 1971 году Исиномори издал мангу "Первобытный мальчик Рю" [Genshi Shounen Ryu], которая также была экранизирована (1971-1972), однако этот аниме-сериал в результате оказался гораздо более известен за пределами Японии (в частности, в Италии), чем в ней самой.

Зато издававшая с 1972 года манга "Наездник в маске" [Kamen Rider] стала основой для целого ряда популярнейших художественных фильмов и ТВ-сериалов и фактически создала новый жанр японского кино - "юношеские сериалы со спецэффектами" [sentai tokusatsu show].

К этому же жанру принадлежали и экранизации некоторых других его манг, таких как "Андроид Кикайда" [Jinzou Ningen Kikaida] (1972), "Тайный отряд Горенджер" [Himitsu Sentai Goranger] и "Кикайда 01" [Kikaida 01] (1973). Также в 1970-х Исиномори издал фантастико-юмористическую мангу "Вперед, Робокон!" [Gambare Robokon] (1975).

В 1983 году Исиномори принял участие в написании сценария полнометражного аниме "Великая война с Гэммой" [Genma Taisen], режиссером которого был Ринтаро, а дизайнером персонажей - Отомо Кацухиро. Соавтором Исиномори был писатель-фантаст Хирай Кадзумаса.

В 1984 году Исиномори начал издание реалистичной манги "Отель" [Hotel] (1984-1998), повествующей о сотрудниках вымышленного роскошного отеля в центре Токио и о том, как они решают возникающие у них во время работы проблемы. В 1990 году эта манга была экранизирована в художественный ТВ-сериал.

В 1986 году, чтобы отметить тридцатилетие своей профессиональной деятельности, он сменил псевдоним на Исиномори Сётаро. К тому же, в предыдущем псевдониме было четыре слога, а четверка в Японии - число несчастливое.

Однако по-настоящему первооткрывательской стала манга, значительно раздвинувшая представления о возможностях этого вида искусства, - "Введение в японскую экономику в картинках" [Manga Nihon Keizai Nyumon] (1986), настоящее серьезное исследование экономики Японии. Интересная и общедоступная, она открыла дорогу множеству современных японских учебников-комиксов. Исиномори получил за нее, помимо прочих наград, Гран-При Союза мангак Японии (1988) - чуть позже он возглавил эту организацию. В 1987 году "Studio Deen" выпустила ТВ-версию учебника Исиномори.

Также Исиномори создал 10,000-страничный манга-учебник "История Японии в картинках" [Manga Nihon no Rekishi] - это одна из самых длинных манг в истории Японии. Оба эти учебника сейчас считаются классическими и продолжают переиздаваться.

В 1993 году у Исиномори обнаружили болезнь сердца. Последующие шесть лет он провел в постели, но ни на минуту не переставал работать, заканчивая свои последние произведения.

В 1995 году Исиномори принял пост почетного председателя информационного центра мультимедиа-технологий города Уэда "Medialand". Это было тем более естественно, что он всегда подчеркивал: "Манга - это мультимедиа, и концепции манги будут очень важны в мультимедийном обществе XXI века". Работа в этом центре отнюдь не была для Исиномори формальностью - он активно участвовал в популяризации деятельности "Medialand" и пропаганде новейших технологий.

В 1998 году Исиномори скончался, так и не дописав последнюю главу "Киборга 009".

Предтеча японского киберпанка и классик детской научной фантастики, Исиномори приложил огромные творческие и организационные усилия, чтобы сделать мангу тем всеобъемлющим искусством, которым она стала к концу его жизни. Как и Тэдзука, его учитель, Исиномори открывал своим последователям новые горизонты и вдохновлял идти дальше себя и не следовать застывшим канонам. Ну а его манга-учебники послужат, возможно, еще не одному поколению юных японцев и студентов из других стран.