Уже с раннего детства демонстрирует способности в рисовании, делая повсюду наброски понравившихся ему персонажей. Стиль оформления и рисунка аниме и манги «Akira», которым он пытался постоянно подражать, в особенности потрясают Масаси. Несмотря на это, до двадцатилетнего возраста он писал лишь незначительные коротенькие истории. Начав специализироваться в школе для мангака, в 1996 году Масаси отсылает компании Shueisha свой первый комикс «Karakuri», который не приобретает большого успеха. Его следующей работой с 1999 был «Naruto», регулярно публикующийся журналом Shonen Jump. Кисимото получил Hot Step Award, ежемесячная премия новых артистов Shonen Jump.

Его брат-близнец Сэйси Кисимото также является мангакой и автором «666 Satan». Нередко было замечено, что их рисунки очень похожи между собой, по этому они часто обвинялись в плагиате. Тем не менее, Сэйси в одной из глав своей манги отмечает, что эти сходства не преднамеренные, а спровоцированные влиянием одних и тех же вещей на обоих авторов.